生信技工

hexo博客下打开和设置RSS订阅，是在NexT主题下设置的。

介绍用samtools faidx为fasta/fastq格式文件创建.fai格式索引文件，并详细介绍.fai格式索引文件内容。

用MAFFT将新序列添加到已经比对好的alignment上(Add new sequences to an existing alignment using MAFFT)，保持已比对序列的比对，对新序列进行比对。

本文介绍用MEGA软件计算比对好的核苷酸序列的两两成对的突变频谱的方法。

使用PAML的baseML程序根据系统发育关系从现存物种的序列重建祖先序列。

介绍自然选择分析软件HyPhy，它的版本，模型和使用。

介绍HyPhy软件，以及用HyPhy的RELAX模型检测自然选择在系统发育树上指定分支的变化趋势，通常用来检测负选择的放松或加强。

使用PAML的codeML程序包中的分支模型branch model来计算系统发育树上的d_Nd_S，检测发生了正选择或负选择放松的分支。

介绍了使用PAML的codeML计算 ω 值 (d_N/d_S) 进行选择分析的概况，包括选择分析的目的、检测方法和实际应用，PAML的介绍、codeML检测选择的四种模型。

记录了K_AK_S、d_Nd_S、D_nD_s，以及omega(ω)的定义和含义，区别和算法，以及ω检测选择压的含义。