生信技工

记录了K_AK_S、d_Nd_S、D_nD_s，以及omega(ω)的定义和含义，区别和算法，以及ω检测选择压的含义。

记录了用Gblocks从多序列比对(Multiple Sequence Alignment,MSA)文件中过滤(trimming)保守序列的方法，以便用于后续系统发育树构建。

记录使用iqtree2来构建最大似然树。

介绍参考文献管理软件EndNote的中英文混排技巧。

Linux系统服务器开机自动挂载硬盘的两种设置方法

以课题组16服务器为例，介绍服务器的硬件，开机页面，BIOS设置（包括修改启动模式Boot Mode），以及磁盘阵列控制器（RAID Controller）的设置。

线粒体的重复介导重组的鉴定和计算重组频率。

先使用R包ape 5.0计算树之间的成对Robinson-Foulds（RF）距离，然后对RF距离进行多维缩放（multidimensional scaling，MDS），并绘制不同维度的RF距离示意图。

造成系统发育冲突的原因包括不完全谱系分选（Incomplete lineage sorting, ILS），基因渐渗、杂交、遗传重组、水平基因转移等导致基因流的进化历史。本文章介绍了用R包MSCquartets评估不完全谱系分选的程度，以及除了ILS以外的其他原因是否参与了系统冲突。

用R包castor的get_subtree_with_tips函数从大的系统发育树中提取指定类群的子树，拓扑不变。