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冠群(crown groups)和干群(stem groups)及相关定义

Figure 1. 冠群干群示意图
from wikipedia: crown group

C1/C2是冠群,S1是干群;C1和S1组成了泛群/总群T1

泛群(pan-group)=冠群(crown groups)+干群(stem groups)

1. 冠群(crown groups)

在种系遗传学(phylogenetics)中,冠群(crown groups)指的是指定的现存生物群体,和它们的最近共同祖先(the most recent common ancestor,最近共祖),和最近共祖的所有灭绝后代的物种集合。

同时,这也是进化枝(clade)的其中一种定义方式,即某个最近共祖和它的所有后代(包括现存的和灭绝的)的物种集。
如图中红色部分则是两个典型的冠群。

2. 泛群(Pan-group)

泛群(pan-group)或者总群(total group)是指冠群和比起其他现存生物与冠群更近缘的所有生物的总称。在系统树上,是指冠群和所有回退到与含有现存成员的最近分支分叉的位置(但不包含这个分叉点)的分支。

3. 干群(stem groups)

干群(stem groups)是并系类群,由一个泛群中不包括冠群的成员组成。所有干群成员都是灭绝的,多用于古生物学的化石集合。

4. 邻群(Plesion-group)

邻群(plesion-group)有几种含义,其中一种是”nearby group”,例如指定类群(可以是冠群,也可以不是)的姐妹群;另一种含义是一个可能是并系的群体,由原始特征(symplesiomorphies,我也不是太明白)定义,通常是指系统发育树的基部类群。
就我们的进化学研究我好像没见过这个词,用的不多。

5. 词缀

通常要作区分时,把crown-,stem-,pan-,plesion-作为前缀,比如Crown-Aves指现存所有鸟类,以及它们的最近共祖和最近共祖的所有灭绝后代。

6. 冠(crown)和干(stem)的在系统发育树上的应用

系统发育树在描述分支节点时,有冠节点和干节点的区别,在标定物种的分化时间时,有冠时间点和干时间点的区别,这个其实是对应冠节点和干节点的,冠节点的时间就是冠时间点。

用例子说明系统发育树上的冠节点和干节点:

在下面系统发育树示意图(A4,(A3,(A2,A1)B)C)D中,假设A1和A2都属于As类群,A3和A4不属于As类群,那么在这个系统发育树上,As类群的冠节点是B,干节点是C。当描述As与其他物种分化时间时,冠时间指B点的时间,干时间指C点的时间。

Figure 2. 系统发育树示意图

notes:

每篇博客的周期都有点超出预期吖~

2021.08.05写完

ref:

  1. wiki: crown group:https://en.wikipedia.org/wiki/Crown_group

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