生信技工

在只有Illumina二代测序数据时，用SPAdes对Illumina二代测序数据进行基因组预组装，得到较长的contigs和scaffolds。

本文记录软件RSEM（RNA-Seq by Expectation-Maximization）进行转录本定量分析。

本文记录Trinity的转录本定量分析脚本`align_and_estimate_abundance.pl`的使用。

记录了用软件miniprot进行蛋白序列和基因组序列间的比对。

简单介绍了软件PlantTribes，以及使用PlantTribes2进行推断编码序列，局部组装目标基因家族，直系同源序列推断(orthology inference)，orthogroups的多序列比对和建树，以及估算Ka/Ks等的用法。

使用Newick Utilities处理进化树和可视化。Newick Utilities是一套用于处理系统发育树的unix shell工具，其功能包括重置根（re-root）、提取子树、修剪、合并枝以及可视化和修饰树。

多序列比对的可视化，黑白、彩色的可视化，包括用AliView进行多序列比对的整体可视化。

基于三代HiFi reads用软件Hifiasm进行基因组的从头组装的详细讲解。

介绍基于三代HiFi reads用软件Hifiasm进行基因组的从头组装的多种模式，以及每种模式的命令。

介绍基于HiFi数据组装基因组的软件Hifiasm的算法，包括HiFi only模式、有亲本数据的trio-binning模式、Hi-C Integrated assembly模式的算法。