生信技工

介绍GetOrganelle，使用GetOrganelle基于whole genome skimming data组装植物质体、植物线粒体、动物线粒体、真菌线粒体、核基因组的核糖体RNA（18S-ITS1-5.8S-ITS2-26S）等序列。

记录细胞器基因组组装过程中常用软件Bandage的操作。

记录上传原始测序reads数据（二代数据和三代数据）到GenBank的步骤。

介绍NCBI,GenBank和向GenBank上传核苷酸序列。

对二代测序进行预处理。包括从NCBI下载SRA格式数据，把SRA格式转为fastq格式。对二代测序的下机数据的质控，包括fastp去除接头和低质量序列，fastqc获取质量报告，trimmomatic去除接头和低质量序列，fastuniq为genome survey等情况去除重复序列。

在只有Illumina二代测序数据时，用SPAdes对Illumina二代测序数据进行基因组预组装，得到较长的contigs和scaffolds。

本文记录软件RSEM（RNA-Seq by Expectation-Maximization）进行转录本定量分析。

本文记录Trinity的转录本定量分析脚本`align_and_estimate_abundance.pl`的使用。

记录了用软件miniprot进行蛋白序列和基因组序列间的比对。

简单介绍了软件PlantTribes，以及使用PlantTribes2进行推断编码序列，局部组装目标基因家族，直系同源序列推断(orthology inference)，orthogroups的多序列比对和建树，以及估算Ka/Ks等的用法。