记录Linux运维命令 —— top的参数和用法
富集分析:(五)clusterProfiler:Visualization
介绍了富集分析R包clusterProfiler富集结果的可视化,以及其他富集分析结果使用clusterProfiler进行可视化的操作。
富集分析:(四)clusterProfiler:不同物种的GO+KEGG富集分析
记录使用clusterProfiler进行GO/KEGG富集分析时,根据分析的物种来选择和准备背景数据集,包括支持的模式物种的获取,非模式物种Orgdb包的构建,通用富集分析等。
基因组注释(四):非编码RNA的注释-用Infernal软件对Rfam 12进行RNA注释
使用Infernal软件对Rfam数据库比对实现基因组非编码RNA的注释
博客撰写的语法和技巧
这篇博客是记录日常博客撰写过程中的语法和技巧,markdown的使用,hexo的使用,next主题的使用等。目前记录了在博客中插入图片,音乐和引用的方式。
系统发育网络推断 —— PhyloNetworks
这篇博客描述了用Julia包PhyloNetworks来推断系统发育网络,并选择最佳杂交次数和网络可视化的操作。
基因流推断 —— Dsuite
这篇博客记录的是用Dsuite软件计算D值(ABBA-BABA统计值)和f4-ratio等相关统计量,并推测居群或近缘种间基因流。
基因流及其推断
介绍了基因流相关概念,推断基因流常用软件Dsuite,PhyloNetworks,TreeMix,3s等。
提交基因组到公共数据库 —— 以GenBank为例
此文记录提交基因组到NCBI的GenBank数据库的步骤,常见错误和修改,以及注意事项。
系统发育网络推断 —— TreeMix
这篇博客记录的是用TreeMix软件推测居群间系统网络,确定最佳基因流数量的具体方法。