生信技工

这篇博客描述了用Julia包PhyloNetworks来推断系统发育网络，并选择最佳杂交次数和网络可视化的操作。

介绍了基因流相关概念，推断基因流常用软件Dsuite，PhyloNetworks，TreeMix，3s等。

这篇博客记录的是用Dsuite软件计算D值(ABBA-BABA统计值)和f4-ratio等相关统计量，并推测居群或近缘种间基因流。

此文记录提交基因组到NCBI的GenBank数据库的步骤，常见错误和修改，以及注意事项。

这篇博客记录的是用TreeMix软件推测居群间系统网络，确定最佳基因流数量的具体方法。

记录进化树的绘制，软件的使用，详细介绍了几种树文件的格式，ggtree绘制树和注释树。

记录Linux常用的命令连接符

记录了R及相关软件RStudio，Rtools的安装，R包的安装方法。

介绍了基因富集分析R包clusterProfiler。

记录了直系同源推断(orthology inference)，以及软件OrthoFinder的原理和使用。