介绍软件mitogenomics,用于线粒体基因组相关的格式转换,貌似是常用于动物线粒体数据的软件,常用于软件MITOS2的后续分析。
用k-mer分析进行基因组调查:(七)用KmerGenie一步实现
介绍KmerGenie,用KmerGenie做基因组调查(genome survey)的k-mer频数统计和基因组特征评估。
转换GenBank文件为tbl格式,为提交注释做准备
介绍GenBank格式文件转换成tbl格式的工具,包括可用于准备上传NCBI注释文件的在线工具GB2sequin,脚本gbf2tbl.pl,脚本genbank_to_tbl.py和脚本Genbank2Sequin.py。
用k-mer分析进行基因组调查:(六)用GCE分步实现
介绍GCE,用GCE的kmerfreq做基因组调查(genome survey)的k-mer频数统计,GCE的gce做基因组特征评估。
用k-mer分析进行基因组调查:(四)用KMC进行k-mer频数统计
介绍KMC,用KMC做基因组调查(genome survey)的k-mer频数统计。
用k-mer分析进行基因组调查:(五)用GenomeScope评估基因组特征
介绍GenomeScope,用GenomeScope做基因组调查(genome survey)的基因组特征评估。用GenomeScope1.0评估二倍体物种的基因组大小、杂合度、重复率等基因组特征,用GenomeScope2.0评估多倍体物种的基因组大小、杂合度、重复率、基因型比例和基因组结构(同源/异源多倍体)等基因组特征,用Smudgeplot估计物种的倍性。
用k-mer分析进行基因组调查:(三)用jellyfish进行k-mer频数统计
介绍jellyfish,用jellyfish做基因组调查(genome survey)的k-mer频数统计。
用k-mer分析进行基因组调查:(一)基本原理
基因组调查(genome survey)的概念和方法,k-mer分析的原理,利用k-mer分析来进行基因组调查(估计基因组大小,杂合度,重复序列占比等基本信息),以及简介做基因组调查的软件。
GFF3文件处理软件 —— GFF3toolkit工具包的介绍和使用
介绍GFF3格式文件处理软件 —— GFF3toolkit工具包,包括检测GFF3格式错误,修正GFF3格式错误,合并GFF3格式文件,排序GFF3格式文件,用GFF3格式文件生成序列等。
Linux中CPU相关概念
记录Linux运维中CPU相关概念和查看CPU的命令