介绍了检测基因流的软件3s的原理和使用,3s基于三个物种的基因组检测两个近缘种的基因流的方向和强度。
录屏软件
介绍了录屏软件Xbox,OBS Studio,Captura。软件录制视频的使用和设置。
批量计算Ka和Ks
记录了使用ParaAT和KaKs_Calculator2.0批量计算基因对/序列对的Ka、Ks和4dtv的方法。
用PseudogenePipeline鉴定假基因及后续分析
记录用PseudogenePipeline软件鉴定全基因组范围内的假基因,并解析结果,简要记录了后续假基因和对应真基因的Ks计算,以及与WGD的关系的分析。
使用Rldeogram的ideogram函数画两物种的同线性图
使用R包Rldeogram的ideogram函数画两物种的同线性图
结构变异分析软件:Assemblytics
介绍了分析两个基因组间的结构变异的软件Assemblytics。
把简历部署到网站上
在hexo+github.io建好博客网站的基础上,在网站中添加自定义网页(包括简历、about me、404等页面)的步骤。
基因组质量评估:(五)mapping法:5. 用软件QualiMap统计BAM文件
mapping法评估基因组组装质量。这篇文章主要介绍了软件QualiMap的安装和使用。
基因组质量评估:(五)mapping法:6. 用软件bamdst统计BAM文件
mapping法评估基因组组装质量。这篇文章主要介绍了软件bamdst的安装和使用,可全面统计BAM文件的相关参数,包括mapping rate、coverage和depth。
基因组质量评估:(五)mapping法:7. 用软件mosdepth统计BAM文件的深度
mapping法评估基因组组装质量。这篇文章主要介绍了统计BAM文件深度的软件mosdepth的安装和使用。