mapping法评估基因组组装质量。mapping法是指把测序的reads（包括Pacbio，Illumina，RNA-seq 等reads）映射回组装好的基因组，评估mapping rate，genome coverage，depth分布等指标，用这些指标评估基因组组装质量。这篇文章简单介绍了mapping法的其中一个评估指标：mapping rate。通过samtools计算mapping rate，和HiSat2对RNA-seq进行mapping时把mapping rate统计在log文件中，两者间的差异和转化。
基因组质量评估：（四）用LAI评估基因组组装的连贯性
用LTR Assembly Index (LAI)这个参数来评估基因组组装的连贯性。
结构变异分析软件：MUM&Co
介绍了分析两个基因组间的结构变异的软件MUM&Co，用它检测插入，缺失，倒位，易位，串联重复复制，串联重复收缩等结构变异。
基因组质量评估：（一）概述
基因组的组装和注释的质量评估，包括基因组组装的完整性、准确性和连续性等质量评估，以及对基因组注释的质量进行评估。这里讨论的质量评估主要用于核基因组，但许多质量评估方法也适用于细胞器基因组（包括线粒体和叶绿体）和转录组的质量评估。
软件mitogenomics用于线粒体基因组相关格式转换
介绍软件mitogenomics，用于线粒体基因组相关的格式转换，貌似是常用于动物线粒体数据的软件，常用于软件MITOS2的后续分析。
使用BankIt提交细胞器基因组组装和注释到NCBI
记录了上传细胞器基因组的组装和注释数据到NCBI的步骤。
用k-mer分析进行基因组调查：（七）用KmerGenie一步实现
介绍KmerGenie，用KmerGenie做基因组调查(genome survey)的k-mer频数统计和基因组特征评估。
转换GenBank文件为tbl格式，为提交注释做准备
介绍GenBank格式文件转换成tbl格式的工具，包括可用于准备上传NCBI注释文件的在线工具GB2sequin，脚本gbf2tbl.pl，脚本genbank_to_tbl.py和脚本Genbank2Sequin.py。
用k-mer分析进行基因组调查：（六）用GCE分步实现
介绍GCE，用GCE的kmerfreq做基因组调查(genome survey)的k-mer频数统计，GCE的gce做基因组特征评估。
用k-mer分析进行基因组调查：（五）用GenomeScope评估基因组特征
介绍GenomeScope，用GenomeScope做基因组调查(genome survey)的基因组特征评估。用GenomeScope1.0评估二倍体物种的基因组大小、杂合度、重复率等基因组特征，用GenomeScope2.0评估多倍体物种的基因组大小、杂合度、重复率、基因型比例和基因组结构(同源/异源多倍体)等基因组特征，用Smudgeplot估计物种的倍性。