先使用R包ape 5.0计算树之间的成对Robinson-Foulds(RF)距离,然后对RF距离进行多维缩放(multidimensional scaling,MDS),并绘制不同维度的RF距离示意图。
用R包MSCquartets评估不完全谱系分选的程度
造成系统发育冲突的原因包括不完全谱系分选(Incomplete lineage sorting, ILS),基因渐渗、杂交、遗传重组、水平基因转移等导致基因流的进化历史。本文章介绍了用R包MSCquartets评估不完全谱系分选的程度,以及除了ILS以外的其他原因是否参与了系统冲突。
使用pixy计算群体的pi,dxy,fst
基于多组学的vcf格式文件,计算群体的pi,dxy,fst值。
用k-mer分析进行基因组调查:(二)用Smudgeplot估计倍性
介绍Smudgeplot,用Smudgeplot估计物种的倍性。
用软件Quartet Sampling来计算分支支持率,评估系统发育树不一致程度,区分强冲突和弱支持
记录了软件Quartet Sampling的原理和使用。
热图的简介和绘制
记录了热图基本概念,热图的分类,以及用R包pheatmap和ggplot2绘制网格热图的代码。
鉴定全基因复制事件(WGD)后保留的复制基因
此博客记录了鉴定全基因复制事件(WGD)后保留的复制基因的背景、原理和分析步骤。
转录因子(transcription factor,TF)基础及WGD后保留的TF分析
本文记录了转录因子(transcription factor,TF)的基础知识,以及使用植物转录因子数据库PlantTFDB对WGD后保留的基因进行保留率的分析的操作。
用PSMC推断有效群体大小历史
用软件PSMC推断有效群体大小的动态历史。
结构变异分析
介绍了两个基因组间的结构变异的分析,和两个分析软件:MUM&Co和Assemblytics。