记录用PseudogenePipeline软件鉴定全基因组范围内的假基因,并解析结果,简要记录了后续假基因和对应真基因的Ks计算,以及与WGD的关系的分析。
使用Rldeogram的ideogram函数画两物种的同线性图
使用R包Rldeogram的ideogram函数画两物种的同线性图
结构变异分析软件:Assemblytics
介绍了分析两个基因组间的结构变异的软件Assemblytics。
把简历部署到网站上
在hexo+github.io建好博客网站的基础上,在网站中添加自定义网页(包括简历、about me、404等页面)的步骤。
基因组质量评估:(五)mapping法:6. 用软件bamdst统计BAM文件
mapping法评估基因组组装质量。这篇文章主要介绍了软件bamdst的安装和使用,可全面统计BAM文件的相关参数,包括mapping rate、coverage和depth。
基因组质量评估:(五)mapping法:5. 用软件QualiMap统计BAM文件
mapping法评估基因组组装质量。这篇文章主要介绍了软件QualiMap的安装和使用。
基因组质量评估:(五)mapping法:7. 用软件mosdepth统计BAM文件的深度
mapping法评估基因组组装质量。这篇文章主要介绍了统计BAM文件深度的软件mosdepth的安装和使用。
基因组质量评估:(五)mapping法:4. 观察mapped reads的深度分布
mapping法评估基因组组装质量。这篇文章简单概述了mapping法的其中一个评估指标:depth,主要介绍了如何通过观察mapped reads的深度分布来判断可能的组装错误和组装特征区域,尤其是线粒体的组装质量评估。
基因组质量评估:(五)mapping法:3. 统计mapped reads的深度分布
mapping法评估基因组组装质量。mapping法是指把测序的reads(包括Pacbio,Illumina,RNA-seq 等reads)映射回组装好的基因组,评估mapping rate,genome coverage,depth分布等指标,用这些指标评估基因组组装质量。这篇文章简单概述了mapping法的其中一个评估指标:depth,主要介绍了统计mapped reads的深度分布的一般方法。
基因组质量评估:(五)mapping法:1. 简介
mapping法评估基因组组装质量。mapping法是指把测序的reads(包括Pacbio,Illumina,RNA-seq 等reads)映射回组装好的基因组,评估mapping rate,genome coverage,depth分布等指标,用这些指标评估基因组组装质量。这篇文章简单介绍了mapping法的评估工具和评估指标。