生信技工

使用PAML的codeML程序包中的分支模型branch model来计算系统发育树上的d_Nd_S，检测发生了正选择或负选择放松的分支。

介绍了使用PAML的codeML计算 ω 值 (d_N/d_S) 进行选择分析的概况，包括选择分析的目的、检测方法和实际应用，PAML的介绍、codeML检测选择的四种模型。

记录了K_AK_S、d_Nd_S、D_nD_s，以及omega(ω)的定义和含义，区别和算法，以及ω检测选择压的含义。

记录了用Gblocks从多序列比对(Multiple Sequence Alignment,MSA)文件中过滤(trimming)保守序列的方法，以便用于后续系统发育树构建。

记录使用iqtree2来构建最大似然树。

介绍参考文献管理软件EndNote的中英文混排技巧。

Linux系统服务器开机自动挂载硬盘的两种设置方法

以课题组16服务器为例，介绍服务器的硬件，开机页面，BIOS设置（包括修改启动模式Boot Mode），以及磁盘阵列控制器（RAID Controller）的设置。

线粒体的重复介导重组的鉴定和计算重组频率。

用R包castor的get_subtree_with_tips函数从大的系统发育树中提取指定类群的子树，拓扑不变。