生信技工

线粒体的重复介导重组的鉴定和计算重组频率。

用R包castor的get_subtree_with_tips函数从大的系统发育树中提取指定类群的子树，拓扑不变。

先使用R包ape 5.0计算树之间的成对Robinson-Foulds（RF）距离，然后对RF距离进行多维缩放（multidimensional scaling，MDS），并绘制不同维度的RF距离示意图。

造成系统发育冲突的原因包括不完全谱系分选（Incomplete lineage sorting, ILS），基因渐渗、杂交、遗传重组、水平基因转移等导致基因流的进化历史。本文章介绍了用R包MSCquartets评估不完全谱系分选的程度，以及除了ILS以外的其他原因是否参与了系统冲突。

基于多组学的vcf格式文件，计算群体的pi，dxy，fst值。

介绍Smudgeplot，用Smudgeplot估计物种的倍性。

记录了软件Quartet Sampling的原理和使用。

记录了热图基本概念，热图的分类，以及用R包pheatmap和ggplot2绘制网格热图的代码。

此博客记录了鉴定全基因复制事件(WGD)后保留的复制基因的背景、原理和分析步骤。

本文记录了转录因子（transcription factor，TF）的基础知识，以及使用植物转录因子数据库PlantTFDB对WGD后保留的基因进行保留率的分析的操作。