介绍自然选择分析软件HyPhy,它的版本,模型和使用。
用HyPhy分析自然选择:(二)用RELAX模型检测指定分支的选择是加强或放松
介绍HyPhy软件,以及用HyPhy的RELAX模型检测自然选择在系统发育树上指定分支的变化趋势,通常用来检测负选择的放松或加强。
用PAML的codeML进行选择分析:(一)概况
介绍了使用PAML的codeML计算 ω 值 (dN/dS) 进行选择分析的概况,包括选择分析的目的、检测方法和实际应用,PAML的介绍、codeML检测选择的四种模型。
用PAML的codeML进行选择分析:(二)分支模型
使用PAML的codeML程序包中的分支模型branch model来计算系统发育树上的dNdS,检测发生了正选择或负选择放松的分支。
一文说清KAKS、dNdS、DnDs,以及omega(ω)
记录了KAKS、dNdS、DnDs,以及omega(ω)的定义和含义,区别和算法,以及ω检测选择压的含义。
用Gblocks对序列比对进行过滤
记录了用Gblocks从多序列比对(Multiple Sequence Alignment,MSA)文件中过滤(trimming)保守序列的方法,以便用于后续系统发育树构建。
构建系统发育进化树:iqtree2构建最大似然树
记录使用iqtree2来构建最大似然树。
参考文献管理软件EndNote的中英文混排技巧
介绍参考文献管理软件EndNote的中英文混排技巧。
Linux系统的服务器开机自动挂载硬盘的设置
Linux系统服务器开机自动挂载硬盘的两种设置方法
服务器的硬件和开机流程的简介,以及BIOS和磁盘阵列控制器的设置
以课题组16服务器为例,介绍服务器的硬件,开机页面,BIOS设置(包括修改启动模式Boot Mode),以及磁盘阵列控制器(RAID Controller)的设置。