替换文本的换行符(replace line separator),把多行文本变成单行文本。
shell的几种循环语法
shell的几种循环语法的差异
集合可视化 —— upset图
记录了用R包UpSetR制作upset图展示多集合共享关系的方法。
集合可视化 —— 文氏图/韦恩图(Venn Diagram)
记录了制作韦恩图(Venn Diagram)展示多集合共享关系的方法。
单系(monophyly)、并系(paraphyly)和复系(polyphyly)及相关定义
记录了单系、并系和复系在进化生物学上的相关概念。
分析基因组共线性、计算Ks和鉴定WGD —— WGDI
记录软件WGDI的安装和使用。这里记录了WGDI用于基因组内共线性区块的鉴定,Ks计算,WGD鉴定。
介绍序列比对(Sequence Alignment)
记录了序列比对的概念,方法,分类,以及用于序列比对的常用软件,包括多序列比对(Multiple Sequence Alignment,MSA)及比对后过滤(trimming)的软件。
基因组质量评估:(二)用QUAST评估基因组组装
记录了基因组组装评估工具QUAST的安装和使用。
基因组组装和注释结果的整理
基因组和基因组注释的排序、重命名、合并和提取等整理操作。
基因组注释(一):重复序列注释
记录了基因组注释的第一步,重复序列的注释,转座子的相关知识,注释常用软件和用法。