记录了R及相关软件RStudio，Rtools的安装，R包的安装方法。
富集分析：（三）clusterProfiler概述
介绍了基因富集分析R包clusterProfiler。
用OrthoFinder做直系同源推断
记录了直系同源推断(orthology inference)，以及软件OrthoFinder的原理和使用。
基因组WGD事件的鉴定和时间估算 —— MCScanX,KaKa_Calculator
用MCScanX对基因组进行同线性分析，KaKs_Calculator2.0计算同线性区块的Ks，根据Ks分布和峰值预测全基因组复制事件(Whole genome duplication,WGD)，paml的mcmctree模块估算WGD的发生时间。
进化树相关知识
介绍了进化树和进化树的分类等知识
RNA-sequencing数据分析工具比较
RNA-sequencing数据分析工具的比较，学习文章内容的笔记。
Circos圈图绘制
记录了绘制圈图的软件Circos的使用逻辑和参数。
富集分析：（二）topGO
介绍了富集分析的R包topGO。用topGO做富集分析中的过表达分析(ORA)。
富集分析：（一）概述
介绍了富集分析和分析软件，包括在线富集分析工具KOBAS-i和GOEAST，富集分析R包topGO，clusterProfiler。
基因组间的同线性分析 —— MCscan
用MCscan pipeline做两个基因组间的同线性分析，包括制作同线性点图(dotplot)，同线性深度直方图，同线性染色体图。