生信技工

介绍了富集分析和分析软件，包括在线富集分析工具KOBAS-i和GOEAST，富集分析R包topGO，clusterProfiler。

用MCscan pipeline做两个基因组间的同线性分析，包括制作同线性点图(dotplot)，同线性深度直方图，同线性染色体图。

记录了两种先进行蛋白质比对，再根据蛋白质比对转换成CDS比对的软件和使用方法，转换的目的是为了增加比对精确度。

记录了分析基因家族扩张收缩的软件CAFE5的安装与使用。

从按照密码子规则（即三个三个对齐）比对的cds序列中提取四倍简并位点(fourfold degenerate codons, 4dtv)。

shell的几种循环语法的差异

替换文本的换行符(replace line separator)，把多行文本变成单行文本。

记录了用R包UpSetR制作upset图展示多集合共享关系的方法。

记录了制作韦恩图(Venn Diagram)展示多集合共享关系的方法。

记录了单系、并系和复系在进化生物学上的相关概念。