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基因流及其推断

Posted on 2022-04-10 Edited on 2024-06-15 In bioinfo , gene flow
2.9k 3 mins.

介绍了基因流相关概念，推断基因流常用软件Dsuite，PhyloNetworks，TreeMix，3s等。

Posted on 2022-03-22 Edited on 2024-12-13 In NCBI , GenBank , submit , genome
13k 12 mins.

此文记录提交基因组到NCBI的GenBank数据库的步骤，常见错误和修改，以及注意事项。

Posted on 2022-03-20 Edited on 2024-06-15 In bioinfo , gene flow
6k 5 mins.

这篇博客记录的是用TreeMix软件推测居群间系统网络，确定最佳基因流数量的具体方法。

Posted on 2022-01-24 Edited on 2023-11-29 In bioinfo , phylogeny
17k 16 mins.

记录进化树的绘制，软件的使用，详细介绍了几种树文件的格式，ggtree绘制树和注释树。

Posted on 2022-01-16 Edited on 2024-06-15 In linux , shell
492 1 mins.

记录Linux常用的命令连接符

Posted on 2021-12-28 Edited on 2024-06-15 In programming , R , basic
4.8k 4 mins.

记录了R及相关软件RStudio，Rtools的安装，R包的安装方法。

Posted on 2021-12-13 Edited on 2024-06-15 In bioinfo , enrichment
16k 14 mins.

介绍了基因富集分析R包clusterProfiler。

Posted on 2021-12-06 Edited on 2024-06-15 In bioinfo , orthology inference
10k 9 mins.

记录了直系同源推断(orthology inference)，以及软件OrthoFinder的原理和使用。

Posted on 2021-11-27 Edited on 2024-06-15 In bioinfo , synteny
15k 14 mins.

用MCScanX对基因组进行同线性分析，KaKs_Calculator2.0计算同线性区块的Ks，根据Ks分布和峰值预测全基因组复制事件(Whole genome duplication,WGD)，paml的mcmctree模块估算WGD的发生时间。

Posted on 2021-11-20 Edited on 2024-08-30 In bio , evolution , tree
1.3k 1 mins.

介绍了进化树和进化树的分类等知识