用MCScanX对基因组进行同线性分析，KaKs_Calculator2.0计算同线性区块的Ks，根据Ks分布和峰值预测全基因组复制事件(Whole genome duplication,WGD)，paml的mcmctree模块估算WGD的发生时间。
进化树相关知识
介绍了进化树和进化树的分类等知识
RNA-sequencing数据分析工具比较
RNA-sequencing数据分析工具的比较，学习文章内容的笔记。
Circos圈图绘制
记录了绘制圈图的软件Circos的使用逻辑和参数。
富集分析：（二）topGO
介绍了富集分析的R包topGO。用topGO做富集分析中的过表达分析(ORA)。
富集分析：（一）概述
介绍了富集分析和分析软件，包括在线富集分析工具KOBAS-i和GOEAST，富集分析R包topGO，clusterProfiler。
基因组间的同线性分析 —— MCscan
用MCscan pipeline做两个基因组间的同线性分析，包括制作同线性点图(dotplot)，同线性深度直方图，同线性染色体图。
蛋白质比对转换成CDS比对 —— ParaAT,PAL2NAL
记录了两种先进行蛋白质比对，再根据蛋白质比对转换成CDS比对的软件和使用方法，转换的目的是为了增加比对精确度。
分析基因家族扩张和收缩 —— CAFE5
记录了分析基因家族扩张收缩的软件CAFE5的安装与使用。
从codon比对的cds序列中提取四倍简并位点
从按照密码子规则（即三个三个对齐）比对的cds序列中提取四倍简并位点(fourfold degenerate codons, 4dtv)。