生信技工

记录进化树的绘制，软件的使用，详细介绍了几种树文件的格式，ggtree绘制树和注释树。

记录Linux常用的命令连接符

记录了R及相关软件RStudio，Rtools的安装，R包的安装方法。

介绍了基因富集分析R包clusterProfiler。

记录了直系同源推断(orthology inference)，以及软件OrthoFinder的原理和使用。

用MCScanX对基因组进行同线性分析，KaKs_Calculator2.0计算同线性区块的Ks，根据Ks分布和峰值预测全基因组复制事件(Whole genome duplication,WGD)，paml的mcmctree模块估算WGD的发生时间。

介绍了进化树和进化树的分类等知识

RNA-sequencing数据分析工具的比较，学习文章内容的笔记。

记录了绘制圈图的软件Circos的使用逻辑和参数。

介绍了富集分析的R包topGO。用topGO做富集分析中的过表达分析(ORA)。