python环境管理工具（anaconda，miniconda，miniforge，mambaforge）和python包管理工具（conda，mamba，pip）

1. python环境管理工具和python包管理工具

1. 环境管理工具

• 管理多个编程环境的工具。在一个环境下，可以定义一套完整的工具。
• 例如 anaconda，miniconda，miniforge，mambaforge 等

2. 包管理工具

• 用来管理和安装软件包
• 例如 conda，mamba，pip 等

3. 推荐

• 在这些python环境和python包管理软件中，目前最推荐安装miniforge，然后用mamba来管理python环境和安装python包。

2. python环境管理工具：Anaconda, Miniconda, Miniforge, Mambaforge

2.1. Anaconda 和 Miniconda vs Miniforge 和 Mambaforge

这些环境管理工具的核心都是通过conda这一工具，来实现 python 环境(environment) 和 包 (package) 管理的，（除了python，很多语言R, Java, C都支持）。

1. 付费/免费 vs 开源

• Anaconda 和 Miniconda 是Anaconda公司的产品（2012年起开发），商用版本付费，个人版本免费。
• Miniforge 和 Mambaforge 是由conda-forge社区维护和更新的，用GitHub托管，开源免费。

2. 支持mamba

• Anaconda 和 Miniconda 默认不支持 mamba，需要手动安装。
• Miniforge 和 Mambaforge 默认支持 mamba。

3. 默认channels

• Anaconda 和 Miniconda 用anaconda.org作为默认channel。
• Miniforge 和 Mambaforge 用conda-forge作为默认channel。
• conda channels是下载packages的来源。
• conda-forge由于齐全和快速更新被作为主流的channel，所以即使用 Anaconda 和 Miniconda 也建议设置 conda-forge 为优先的channel。

2.2. Anaconda 和 Miniconda

1. Anaconda 包含 python 和 conda 以及另外上千多个常用包，以及图形界面 Spyder 等。
2. Miniconda 是 Anaconda 的最小精简版本，只包含了python和conda，只包含了最小的依赖，没有预装任何额外库。安装速度快很多。

2.3. Miniforge 和 Mambaforge

1. Miniforge 与 Miniconda 类似，但不属于Anaconda公司，而是开源的，并且支持 mamba 。
2. Mambaforge 改自 Miniforge，做了一些优化。自2023年8月 Miniforge 23.3.1 版本发布后，Miniforge与Mambaforge在功能上已基本完全一致。两者唯一的区别仅在于安装程序名称及由此决定的默认安装路径。

3. python包管理工具：conda, mamba, pip

3.1. conda, mamba, pip

1. conda

• conda 是通用的python包管理工具，并可以管理C/C++库和R包等依赖
• conda 由 Anaconda 公司维护

2. mamba

• mamba 是开发来替代conda的高速工具
• mamba 由 conda-forge社区开源更新和维护
• mamba 支持多线程，对依赖的解析也更智能，比 conda 安装速度快很多。

3. pip

• pip 是python官方标准的python包管理器，只能安装python包
• pip 由python官方（PyPA）更新维护
• pip 用于从PyPI安装和管理Python标准库之外的其他第三方包。

  3.2. mamba 优势

  2019年 Wolf Vollprecht 开发了mamba，用来解决conda安装和编译速度慢的问题，显著提高了安装包的速度，推荐用mamba替代conda。

1. mamba 的特点

• mamba 核心通过 C++ 实现，执行效率高
• mamba 支持多线程下载和异步下载 repository data 和 packages
• mamba 使用 libsolv加速解决依赖关系
• mamba 与 conda 完美兼容

2. mamba 的限制

• 用mamba install替代conda install，用mamba create替代conda create，
• 但是，conda activate, conda deactivate, conda config等环境和channels管理命令无法用mamba替代。

4. 推荐安装和使用

在这些python环境和python包管理软件中，目前最推荐安装miniforge，然后用mamba来管理python环境和安装python包。

4.1. 安装Miniforge

1. 下载Miniforge安装文件：在 https://conda-forge.org/miniforge/ 选择对应系统的安装文件
2. 命令bash Miniforge3-Linux-x86_64.sh开始安装

• 跟随引导语，两次ENTER和两次yes即可。
• press ENTER to continue: ENTER
• Do you accept the license terms? [yes|no]: yes
• Miniforge3 will now be installed into this location: /home/user_name/miniforge3: ENTER
• Do you wish to update your shell profile to automatically initialize conda? : yes

3. 安装成功，会改变以下文件

• 修改/home/user_name/.bashrc文件，加入conda初始化信息
• 生成/home/user_name/miniforge3目录，miniforge3安装在此目录下
• conda和mamba命令在这个目录下，比如/home/user_name/miniforge3/bin/mamba

4. 安装后需要关闭shell并重开新的shell才能应用

• For changes to take effect, close and re-open your current shell

5. 推荐这样添加channels

• conda config --show channels 查看channels
• conda config --add channels bioconda 添加bioconda到channels内
• conda config --add channels conda-forge 把conda-forge放在top，作为最优先的channel

6. 安装软件包

• mamba install biopython
• mamba install bioconda::blast

4.2. 已安装conda的情况下，安装mamba

• 如果已用anaconda或miniconda安装conda，也可以额外安装mamba
• conda install mamba -n base -c conda-forge

References

1. Miniforge github：https://github.com/conda-forge/miniforge

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