1. 契机
今天一个师妹给我发了一个生物类群的list，包括藻类，裸子植物，动物，细菌，真菌，古细菌等，问我如果画树（构建系统发育树）应该用什么做外类群，我发现我还真不知道细菌还是古细菌或者真菌哪个更先分化出来。所以，我查询了一些资料，才回答了师妹的问题，记录在这，纯当给自己科普了。
让我惊讶的几点：
- 细菌是独立的单系，最先分化出来，不是名字更“古老”的古菌。
- 植物所在的支比真菌更基部，比起植物，动物和真菌关系更近。
- 病毒的系统发育位置不确定。
2. Life on Earth
2.1. 现存的细胞生命（cellular life）主要包括三个域
- 细菌（Eubacteria）: 包含我们常说的细菌，又叫true bacteria, 以及内共生起源的细胞器（mitochondria, chloroplasts）也是细菌起源的。
- 真核生物（Eukaryotes）: 包括原生生物（Protists）, 植物（Plants）, 真菌（Fungi）, 动物（Animals）等大部分我们认识的生物。其中真菌和动物的亲缘关系较近。
- 古菌（Archaea）: 原来被认为是一个单系，目前有证据认为是一个并系类群。
除了这三个域以外，还有一些非细胞生物，如病毒（Viruses），目前还不确定应该放在系统发育树的什么位置。
2.2. 现存细胞生命的系统发育关系
现存生命的系统发育树的根，以及现存三个域的系统关系在科学界还存在争议。可参考：http://tolweb.org/Life_on_Earth/1
细菌最先分化出来是没有争议的，所以回到最初的问题，用细菌作为外类群来建树是最合适的。
- 现存生命的系统发育树存在争议
- 争议点1：古菌（Archaea）的系统位置
- 争议点2：病毒（Viruses）等非细胞生命的系统位置
Figure 1. the relationships of the major lineages are controversial 图片来源：http://tolweb.org/Life_on_Earth/1
- 古菌（Archaea）的系统位置的两种假说
- Archaea tree假说：
Figure 2. Archaea tree 假说 图片来源：http://tolweb.org/Life_on_Earth/1
- Eocyte tree假说：
Figure 3. Eocyte tree 假说 图片来源：http://tolweb.org/Life_on_Earth/1
3. 现存生命之树
推荐这个网站：http://tolweb.org/tree/home.pages/popular.html
可以查询所有现存生物在生命之树的位置（ps：根据科研结果不断更新）
3.1. 现存生命之树（未包括病毒）
Figure 4. A history of Existing Life 图片来源：https://fairhopegraphics.com/
4. references
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