1. Bandage介绍
Bandage全称是a Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily，是一个用于从头组装基因组的交互式可视化的软件。
从头组装基因组的组装草图包含已组装的contigs（Bandage里称为nodes），但没有很好的办法获取这些contigs之间的连接关系（Bandage里称为edges），Bandage就是为了可视化contigs之间的连接关系而开发的。
2. Bandage的功能
- 使用Bandage，用户可以放大图中的特定区域，并通过移动节点、添加标签、改变颜色和提取序列等方式与组装图互动。
- 用户可以在 Bandage 图形用户界面上进行 BLAST 搜索，搜索结果会以高亮显示在图中。通过显示contigs之间的联系，Bandage 为分析全新的组装提供了新的可能性，而这是单独研究contigs所无法实现的。
- Bandage常用来组装细胞器基因组（尤其是复杂的植物线粒体基因组）时，查看不同contigs之间的可能连接方式，以辅助组装细胞器基因组。
3. Bandage常用操作
3.1. 输入输出
- 输入
- File-load graph：可以输入fastg组装图文件
- File-load CSV data：可以输入CSV数据
- 输出
- File-Save image(current view)：保存目前视图到png图片文件
- File-Save image(entire scene)：保存整个视图到png图片文件
3.2. 鼠标操作
可以直接尝试使用，就知道分别是什么功能了。
- 鼠标左键：原形状移动
- 鼠标右键：变形
- ctrl+鼠标滚动：zoom in/zoom out 放大/缩小试图。
- ctrl+鼠标左键：移动Node的一端。会出现手掌图标，拖动Node的一端，另一端的位置不受影响。
- ctrl+鼠标右键：拖动则旋转视图。
4. references
- Bandage paper：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/31/20/3350/196114
- Bandage github：https://github.com/rrwick/Bandage
- Bandage介绍页面：http://rrwick.github.io/Bandage
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