用miniprot做蛋白序列和基因组序列间的比对

1. miniprot介绍

需要进行蛋白序列与基因组序列的比对，可以用李恒团队开发的miniprot。

2. miniprot安装

1. conda安装：conda install miniprot
2. 下载安装：仅依赖zlib

git clone https://github.com/lh3/miniprot
cd miniprot && make

3. miniprot使用

基因组genome.fna和蛋白序列protein.faa进行比对

3.1. 先建索引，再比对【推荐】

1. 建立索引：会将基因组genome.fna翻译成氨基酸序列，费时。

• miniprot -d genome.mpi genome.fna

2. 比对：翻译的基因组氨基酸序列与指定的蛋白序列进行比对

-miniprot --gff -It16 --gff genome.mpi protein.faa > aln.gff

3.2. 建索引和比对一步完成

• miniprot -Iut16 --gff genome.fna protein.faa > aln.gff

references

1. github：https://github.com/lh3/miniprot

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