1. Newick Utilities简介
2010年，來自瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics）的Thomas Junier 和Evgeny Zdobnov共同开发了一套Linux Shell环境下对newick格式树文件的处理和编辑工具，名为Newick Utilities。
这是一套用于处理系统发育树的unix shell工具，其功能包括重置根（re-root）、提取子树、修剪、合并枝以及可视化。
1.1. Newick Utilities工具主要特点：
- 无需交互模式
- 一次运行可以批量处理多个树文件
- 能够处理大数据集的树文件
- 既可以读取也可以输出
1.2. Newick Utilities所有工具的功能：
- nw_clade： 提取由节点标签指定的子树
- nw_condense：简化树
- nw_display：显示树，作图
- nw_duration：将节点分化时间转换为持续时间
- nw_distance：展示节点间的遗传距离
- nw_gen：随机树生成器
- nw_indent：以缩行式显示树
- nw_labels：打印节点标签
- nw_match: 鉴定两棵树相同的拓扑结构
- nw_order：排序树
- nw_prune：根据标签删除分支
- nw_reroot：重置根
- nw_rename：标签重命名
- nw_stats：统计和显示树的属性
- nw_support：计算给定复制树的树的bootstrap支持率
- nw_topology：展示树的拓扑结构，忽略枝的信息
- nw_trim：将树的边缘设置在指定深度
- nw_ed：流编辑器（类似于sed、awk）
- nw_luaed：流编辑器（类似nw_ed），用Lua
- nw_sched：流编辑器（类似nw_luaed），用Scheme
2. Newick Utilities工具的使用
2.1. Newick Utilities工具的安装
conda install bioconda::newick_utils
2.2. 输入文件
输入的树文件必须是Newick格式，可以是多棵树的树文件。
并且在所有程序的命令中，输入树文件必须是第一个参数。
支持多种输入形式
nw_display tree.nw或cat tree.nw | nw_display -或nw_display - < tree.nw
3. Newick Utilities工具的具体操作
3.1. nw_clade：提取子树
nw_clade tree.nw Ipsea >subtree.nw：根据节点标签Ipsea提取子树nw_clade -m tree.nw Melastoma Faurea Styloceras：根据末端的叶标签鉴定是否形成单系
3.2. nw_prune：根据标签删除分支，也可用于提取子树
提取部分支的子树时，使用nw_clade只能把需要提取的节点标签直接作为参数来提取，nw_prune提供了把节点标签保存到文件中，使用文件作为参数提取的功能。
nw_prune是根据节点标签删除分支，加上-v参数则是根据节点标签保留分支，所以用nw_prune来根据文件提取指定分支的子树更为便捷。
需要提取的分支标签保存在文件subtree.txt中，每个节点标签一行，从tree.nw中提取subtree.txt指定的子节点组成的树，保存为subtree.nw。
nw_prune -v tree.nw -f subtree.txt >subtree.nw
3.3. nw_reroot：重定根
nw_reroot tree.nw Cymbidium Ipsea | nw_display -s -：重定根，把Cymbidium和Ipsea共同作为外类群，并画出这棵树。
4. reference
- https://github.com/tjunier/newick_utils
- https://gensoft.pasteur.fr/docs/newick-utils/1.6/nwutils_tutorial.pdf
- https://www.jianshu.com/p/919e0cd34a0d
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