一句话总结：推荐使用AliView进行多序列比对的整体可视化。
1. 多序列比对的可视化
通过肉眼查看多序列比对结果，可以用MEGA, Bioedit, Genious, AliView等软件。
- MEGA, Bioedit可以查看局部比对结果，并对碱基/氨基酸渲染颜色，但无法从整体上查看比对结果，即无法对比对结果进行缩放（Zoom out/in）。
- Genious可以对比对结果缩放（Zoom out/in），从而从整体上查看比对结果。但是它是商业软件，费用较高。可以用邮箱注册试用。
- AliView是免费开源的软件，支持对比对结果缩放（Zoom out/in），从整体上查看比对结果，推荐使用。
2. AliView
- AliView是Uppsala University团队开发的一个多序列比对可视化工具：https://ormbunkar.se/aliview/。
- 免费开源，在github上可获取：https://github.com/AliView/AliView。
- 支持FASTA,PHYLIP,NEXUS,CLUSTAL,MSF格式的输入文件。
需要查看多序列比对的整体效果，只需在AliView上打开多序列比对文件，然后File-Export alignments as image即可导出图，注意导出的图不包含序列ID。
Figure 1. 多序列比对整体图
3. msaviewer
另外，NCBI有个在线工具msaviewer(NCBI Multiple Sequence Alignment Viewer)，支持对多序列比对结果进行缩放（Zoom out/in），查看整体比对。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/msaviewer/
4. references
- https://ormbunkar.se/aliview/
- https://github.com/AliView/AliView3
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/msaviewer/
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