使用Rldeogram的ideogram函数画两物种的同线性图

1. 使用Rldeogram的ideogram函数画两物种的共线性图

1.1. 输入文件

1. karyotype.txt

• Chr: 染色体号
• Start: 起始
• End: 终止
• fill: 染色体填充色
• species：物种名
• size: 物种名字体大小
• color: 物种名字体颜色

文件示例：

Chr Start      End   fill species size  color
1   1 23037639  FF8C00   Grape   12 252525
2   1 18779884  FF8C00   Grape   12 252525
3   1 17934068  FF8C00   Grape   12 252525
4   1 17349521  FF8C00   Grape   12 252525
1   1 22042719  4682B4   Populus   12 252525
2   1 19858802  4682B4   Populus   12 252525
3   1 19278319  4682B4   Populus   12 252525

2. synteny.txt

• Species_1：物种1染色体号
• Start_1，End_1：物种1染色体区域位置
• Species_2：物种2染色体号
• Start_2，End_2：物种2染色体区域位置

文件示例：

Species_1  Start_1    End_1 Species_2 Start_2   End_2   fill
1   12226377    12267836    1   5900307 5827251 cccccc
1  5635667 5667377 2 4459512  4393226 cccccc
1   7916366 7945659 3 8618518   8486865 cccccc
2   8214553 8242202 1 5964233  6027199 cccccc
3  2330522 2356593 1 6224069  6138821 cccccc
3  10861038    10886821    2  8099058 8011502 cccccc
4  9487312    9540261    3  7657579 7701112 cccccc

1.2. 运行

install.packages('RIdeogram') #安装RIdeogram
library('RIdeogram') #载入RIdeogram
ka <- read.table("karyotype.txt",sep="\t",header = TRUE,stringsAsFactors = F) #读取karyotype.txt文件
sy <- read.table("synteny.txt",sep="\t",header = TRUE,stringsAsFactors = F) #读取synteny.txt文件
ideogram(karyotype = ka, synteny = sy) #使用ideogram函数，生成chromosome.svg文件用于绘图
convertSVG("chromosome.svg", device = "pdf",dpi=1600) #转化成chromosome.pdf文件，还可选择转化的格式：tiff，png，jpg，分辨率1600。

1.3. 结果

结果如下图：

Figure 1. Rldeogram绘制的同线性图

2. references

1. https://www.jianshu.com/p/07ae1fe18071

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