软件mitogenomics用于线粒体基因组相关格式转换

mitogenomics简介

• 无意中发现的一个软件。
• 基于已有线粒体基因组序列和基因序列，通过比对获取注释tbl格式文件，所以只适用于线粒体的基因。
• 包括两个转化格式的脚本mitos2fasta.py，aln2tbl.py（和python2版本）。

软件安装

1. git下载
   git clone https://github.com/IMEDEA/mitogenomics

2. 脚本

• 因为软件是三个脚本组成，可以直接使用脚本。

3. 依赖

• python3的Biopython和argparse模块。
• 可以用pip安装pip install biopython argparse。

软件mitogenomics

脚本mitos2fasta.py

python 3 版本，用于转化基因序列为比对到线粒体基因组序列的格式。

1. 命令
   mitos2fasta.py -m mito.fa -g genes.fa -c Y > assembly.fa

2. 输入输出

• -m mito.fa：线粒体基因组序列，fasta格式。
• -g genes.fa：基因序列，fasta格式。可以是软件MITOS2的输出。
• -c Y：是否简化基因名字（genes.fa文件的序列ID）并适应aln2tbl.py，Y/N。
• assembly.fa：输出保存到assembly.fa，即将线粒体基因组序列和基因序列比对好的序列格式，基因没比对的位置用-代替。

aln2tbl.py

python 3 版本，用于转化比对到线粒体基因组序列的基因序列（即mitos2fasta.py的输出）为tbl格式。

aln2tbl-legacy.py是aln2tbl.py的python2版本，功能一样。

1. 命令
   aln2tbl.py -f assembly.fa -g genes.txt -c 1 > sample.tbl

2. 输入输出

• -f assembly.fa：输入文件是线粒体基因组和基因序列的比对文件，mitos2fasta.py的输出。
• -g genes.txt：保存了基因名称的文本文件，单行，多个基因名称间逗号分隔。
• -c number_genetic_code：用数字指定线粒体编码方式，植物线粒体是一般的编码方式 (1)。此外还有脊椎动物vertebrate (2), 酵母菌yeast (3), 霉菌mold, 原生动物protozoan and 腔肠动物coelenterate (4), 无脊椎动物invertebrate (5), 棘皮动物echinoderm and 扁形虫flatworm (9), 海鞘类ascidian (13)。

• sample.tbl：输出到tbl格式文件。

references

1. https://github.com/IMEDEA/mitogenomics

---

• 欢迎关注微信公众号：生信技工
• 公众号主要分享生信分析、生信软件、基因组学、转录组学、植物进化、生物学概念等相关内容，包括生物信息学工具的基本原理、操作步骤和学习心得。