1. 文氏图/韦恩图(Venn Diagram) —— 5个集合内的可视化
当有多个群组（集合）的数据，想要展示在不同的事物群组（集合）之间的数学或逻辑联系时，可使用韦恩Venn图和UpSet图展示多集合直接的共享关系和各自的独享关系。
当集合数量少于等于5个时，多用韦恩图；当集合数量大于5个时，多用upset图。
韦恩图的绘制推荐使用R包gplots；upset图的绘制推荐使用R包UpSetR，参考博文upset图。
1.1. 应用场景
- 利用orthofinder找到的不同物种的orthogroups的结果来绘制Venn Diagram韦恩图或者UpSet plot图，查看不同物种间共享的orthogroups的数量关系。
1.2. 数据准备
从orthofinder的结果文件Results_date/Orthogroups/Orthogroups.GeneCount.tsv（每个物种拥有每种orthogroups的基因数量的统计）中提取每个物种拥有的orthogroups信息；并合并作为venn的输入文件。
1 | species=($(head -1 Orthogroups.GeneCount.tsv|sed "s/.pep//g")) #读取Orthogroups.GeneCount.tsv第一行表头写入species列表中 |
1.3. 韦恩图绘制
1.3.1. 在线画韦恩图
快和方便，但图不好看。
1.3.2. R包画韦恩图
1.3.2.1. R包gplots
R包gplots画韦恩图方便快捷参数少，缺点是画出来的图黑白无填充色，适合初期查看数据。
1 | install.packages("gplots") #安装gplots包 |
1 | > head(data) |
1.3.2.2. R包VennDiagram
R包VennDiagram画韦恩图参数较多，适合做用于发表的韦恩图。
准备工作
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6install.packages("VennDiagram") #安装VennDiagram包
library(VennDiagram) #载入VennDiagram包
library(grid) #载入grid包
data <- read.table("orthogroups.venn", header = T, sep = "\t") #读入数据文件
head(data) #查看数据文件
attach(data) #把数据用于全局一维韦恩图
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14grid.newpage(); #清除已有图形，开始新的空白页
venn.single.plot <- venn.diagram(
x = list(Athaliana=Athaliana), #等号前面是图上显示的数据名称，等号后面是数据源。
filename = NULL,
col = "black", #图的边界颜色
lwd = 0,
fontface = "bold",
fill = "grey", #填充色
aplha = 0.75, #透明度
cex = 4,
cat.cex = 3,
cat.fontface = "bold",
); #一维韦恩图
grid.draw(venn.single.plot); #用venn.plot绘图二维韦恩图
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19grid.newpage(); #清除已有图形，开始新的空白页
venn.pairwise.plot <- venn.diagram(
x = list(Graimondii=Graimondii, Ppersica=Ppersica), #等号前面是图上显示的数据名称，等号后面是数据源。
filename = NULL,
lwd = 4,
fill = c("cornflowerblue", "darkorchid1"), #填充色
aplha = 0.75, #透明度
label.col = "white",
cex = 4,
fontfamily = "serif",
fontface = "bold",
cat.col = c("cornflowerblue", "darkorchid1"),
cat.cex = 3,
cat.fontfamily = "serif",
cat.fontface = "bold",
cat.dist = c(0.03, 0.03),
cat.pos = c(-20,14)
); #二维韦恩图
grid.draw(venn.pairwise.plot); #用venn.plot绘图
Figure 1. Venn diagram with 2 groups
- 三维韦恩图
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20grid.newpage(); #清除已有图形，开始新的空白页
venn.triple.plot <- venn.diagram(
x = list(Athaliana=Athaliana, Ppersica=Ppersica, Graimondii=Graimondii), #等号前面是图上显示的数据名称，等号后面是数据源。
filename = NULL,
col = "transparent",
fill = c("red", "blue", "green"),
alpha = 0.5,
label.col = c("darkred", "white", "darkblue", "white",
"white", "white", "darkgreen"),
cex = 2.5,
fontfamily = "serif",
fontface = "bold",
cat.default.pos = "text",
cat.col = c("darkred", "darkblue", "darkgreen"),
cat.cex = 2.5,
cat.fontfamily = "serif",
cat.dist = c(0.06, 0.06, 0.03),
cat.pos = 0
);
grid.draw(venn.triple.plot); #用venn.plot绘图
Figure 2. Venn diagram with 3 groups
- 四维韦恩图
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20grid.newpage(); #清除已有图形，开始新的空白页
venn.quad.plot <- venn.diagram(
x = list(Mtruncatula=Mtruncatula, Vvinifera=Vvinifera, Graimondii=Graimondii, Ppersica=Ppersica), #等号前面是图上显示的数据名称，等号后面是数据源，数据顺序与图上顺序一致。
filename = NULL,
col = "black",
lty = "dotted", #边框线类型
lwd = 4,
fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"),
alpha = 0.50,
label.col = c("orange", "white", "darkorchid4", "white", "white", "white",
"white", "white", "darkblue", "white",
"white", "white", "white", "darkgreen", "white"),
cex = 2.5,
fontfamily = "serif",
fontface = "bold",
cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "darkorchid4"),
cat.cex = 2.5, #分类名称字体大小
cat.fontfamily = "serif"
); # 四维韦恩图
grid.draw(venn.quad.plot); #用venn.plot绘图
Figure 3. Venn diagram with 4 groups
- 五维韦恩图
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18grid.newpage(); #清除已有图形，开始新的空白页
venn.quintuple.plot <- venn.diagram(
x = list(Athaliana=Athaliana, Ppersica=Ppersica, Graimondii=Graimondii, Mtruncatula=Mtruncatula, Vvinifera=Vvinifera),
filename = NULL, # 韦恩图结果文件保存路径和名称
col = "black", #指定图形的圆周边缘颜色，transparent透明
fill = c("dodgerblue", "goldenrod1", "darkorange1", "seagreen3", "orchid3"), # 填充颜色
alpha = 0.50, #透明度
cex = c(1.5, 1.5, 1.5, 1.5, 1.5, 1, 0.8, 1, 0.8, 1, 0.8, 1, 0.8,
1, 0.8, 1, 0.55, 1, 0.55, 1, 0.55, 1, 0.55, 1, 0.55, 1, 1, 1, 1, 1, 1.5), #每个区域label名称的大小
cat.col = c("dodgerblue", "goldenrod1", "darkorange1", "seagreen3", "orchid3"), #分类颜色
cat.cex = 1.5, #每个分类名称大小
cat.dist = 0.07, #分类名称距离边的距离
cat.just = list(c(-1,-1),c(2,-1),c(2,1),c(0,4),c(-0.5,-1)), #分类名称的位置，圈内或圈外
cat.fontface = "bold",
cat.fontfamily = "serif", # 分类字体
margin = 0.2 #图距离边缘的距离
); # 五维韦恩图
grid.draw(venn.quintuple.plot); #用venn.plot绘图
Figure 4. Venn diagram with 5 groups
1.3.2.3. 保存R生成的图
在RStudio里作图，选择Export-Save as PDF
一般参数：PDF Size(A4)+Orientation(Landscape)
保存图像为pdf即可。
2. references
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